Το Τμήμα Διμερών και Πολυμερών Διακρατικών Συνεργασιών είναι αρμόδιο για:
α) την κατάρτιση διμερών ή πολυμερών διακρατικών συμφωνιών επιστημονικής και τεχνολογικής συνεργασίας και την εκπλήρωση των υποχρεώσεων που απορρέουν από αυτές,
β) την εισήγηση μέτρων για την αξιοποίηση της συμμετοχής της χώρας σε διακρατικές συμφωνίες και διμερείς ή πολυμερείς συνεργασίες,
 γ) την παρακολούθηση της πραγματοποίησης των διακρατικών συμφωνιών των κοινών ερευνητικών και τεχνολογικών προγραμμάτων και την ενδεχομένη χρηματοδότηση τους από ελληνικούς φορείς,
 δ) τη συγκρότηση μικτών επιτροπών για τη σύναψη πρωτοκόλλων διμερούς- πολυμερούς συνεργασίας με άλλες χώρες, την προκήρυξη προγραμμάτων διακρατικών συνεργασιών,
ε) την αξιολόγηση, παρακολούθηση και διαχείριση προγραμμάτων διακρατικών συνεργασιών. στ) τη διαχείριση των ευρωπαϊκών προγραμμάτων δικτύωσης της Ευρωπαϊκής Ένωσης,
 ζ) τον χειρισμό κάθε άλλου συναφούς θέματος.