Το Τμήμα Σχεδιασμού και Διοικητικής Εποπτείας, Ερευνητικών και Τεχνολογικών Φορέων είναι αρμόδιο για:
α) την ίδρυση, διάλυση, ενοποίηση, τον διαχωρισμό, την ολική ή μερική μεταφορά των εποπτευομένων ερευνητικών και τεχνολογικών φορέων και για την οργανωτική δομή τους,
β) την παρακολούθηση της λειτουργίας και τη γενική δραστηριότητα των εποπτευομένων ερευνητικών και τεχνολογικών φορέων και τη λήψη των αναγκαίων μέτρων για την λειτουργική βελτίωσή τους,
γ) την υποστήριξη του Εθνικού Συμβουλίου Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΣΕΚ) και την παραπομπή θεμάτων των εποπτευομένων ερευνητικών και τεχνολογικών φορέων στο Εθνικό Συμβούλιο Έρευνας και Τεχνολογίας ή - κατά περίπτωση - στα Τομεακά Επιστημονικά Συμβούλια,
δ) την εισήγηση για την κατανομή των πιστώσεων από τον τακτικό προϋπολογισμό στους εποπτευόμενους ερευνητικούς και τεχνολογικούς φορείς και τη σύνταξη των ειδικών εκθέσεων,
ε) την εισήγηση επί της χορήγησης της εθνικής συμμετοχής στους δημόσιους ερευνητικούς και τεχνολογικούς φορείς ή/και την παροχή επιβραβεύσεων μέσω χρηματοδότησης στους συμμετέχοντες στα ανταγωνιστικά προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης και τη σύνταξη των σχετικών αποφάσεων,
στ) τη διοικητική υποστήριξη της λειτουργίας του Ελληνικού Ιδρύματος Έρευνας και Καινοτομίας,
ζ) τον χειρισμό κάθε άλλου συναφούς θέματος