Επιχειρησιακός στόχος της Διεύθυνσης Εποπτείας Ερευνητικών και Τεχνολογικών Φορέων είναι ο σχεδιασμός του ερευνητικού και τεχνολογικού ιστού της χώρας, η εποπτεία των Ερευνητικών και Τεχνολογικών Φορέων, η αξιολόγησή τους, η αξιοποίηση των ερευνητικών υποδομών τους και η προκήρυξη και η αξιολόγηση ερευνητικών προγραμμάτων για τους Ερευνητικούς και Τεχνολογικούς Φορείς, ο σχεδιασμός και η ανάπτυξη των κτιριακών υποδομών  του Ερευνητικού και Τεχνολογικού ιστού της χώρας, η εποπτεία και η διοίκηση μελετών, τεχνικών και λοιπών συναφών επιστημονικών υπηρεσιών και έργων της Γενικής Γραμματείας Έρευνας και Τεχνολογίας, καθώς και των εποπτευόμενων από αυτή Ερευνητικών και Τεχνολογικών Φορέων.