Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας (ΕΛΚΕ) έχει τις παρακάτω αρμοδιότητες:
α) εισηγείται για τη λήψη μέτρων για τη διασφάλιση των πόρων του,
β) καταρτίζει την ετήσια πρόταση του ΠΔΕ της ΓΓΕΤ σε συνεργασία με τις αρμόδιες Δ/νσεις της Υπηρεσίας και την ΕΥΔΕ-ΕΤΑΚ και την υποβάλλει στη Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών του Υπουργείου, μετά την έγκρισή της από τον Γενικό/Τομεακό Γραμματέα Έρευνας και Τεχνολογίας, 5732 ΕΦΗΜΕΡΙ∆Α TΗΣ ΚΥΒΕΡΝΗΣΕΩΣ Τεύχος Α’ 31/23.02.2018,
 γ) καταρτίζει προτάσεις ανακατανομής και αύξησης των ετήσιων ορίων πιστώσεων του ΠΔΕ σε συνεργασία με τις αρμόδιες Διευθύνσεις της Υπηρεσίας και την ΕΥΔΕ- ΕΤΑΚ και την υποβάλλει στη Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών του Υπουργείου, μετά την έγκρισή της από τον Γενικό/Τομεακό Γραμματέα Έρευνας και Τεχνολογίας,
 δ) υποβάλλει τα αιτήματα πληρωμών δράσεων, έργων και μελετών του ΠΔΕ σε συνεργασία με τις αρμόδιες Διευθύνσεις της Υπηρεσίας και την ΕΥΔΕ-ΕΤΑΚ, στη Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών του Υπουργείου,
ε) διενεργεί πληρωμές στους δικαιούχους δράσεων, έργων και μελετών του ΠΔΕ μέσω της Τράπεζας της Ελλάδας μετά από σχετικές εντολές πληρωμών από τις αρμόδιες Δ/νσεις της Υπηρεσίας και της ΕΥΔΕ-ΕΤΑΚ, στ) χειρίζεται έργα Τεχνικής Βοήθειας/Στήριξης ενταγμένα στο ΠΔΕ για την υποστήριξη της λειτουργίας της ΓΓΕΤ,
ζ) διενεργεί ελέγχους νομιμότητας σχετικά με την πληρωμή των τελικών δικαιούχων δράσεων, έργων και μελετών του ΠΔΕ,
η) τηρεί βιβλία Γ΄ κατηγορίας, όπως προβλέπεται από τον κώδικα βιβλίων και στοιχείων, στα οποία αποτυπώνει τις οικονομικές δραστηριότητές του,
θ) αναλαμβάνει τη φύλαξη των εγγυητικών επιστολών εκ μέρους της ΓΓΕΤ,
ι) καταρτίζει ετήσιο Προϋπολογισμό, Απολογισμό και Ισολογισμό οι οποίοι εγκρίνονται από τον Γενικό/Τομεακό Γραμματέα Έρευνας και Τεχνολογίας και υποβάλλονται αρμοδίως, όπως νόμος ορίζει,
 ια) αποστέλλει το φυσικό του αρχείο στο Ελεγκτικό Συνέδριο ετησίως,
ιβ) ενημερώνει σε μηνιαία βάση τον Γενικό/Τομεακό Γραμματέα Έρευνας και Τεχνολογίας, τους Προϊστάμενους των Διευθύνσεων της ΓΓΕΤ και της ΕΥΔΕ ΕΤΑΚ για τις οικονομικές και διαχειριστικές ενέργειες στις οποίες έχει προβεί καθώς και για τυχόν εκκρεμότητες,
 ιγ) ενημερώνει τον Γενικό/Τομεακό Γραμματέα Έρευνας και Τεχνολογίας, τους Προϊστάμενους των Διευθύνσεων της ΓΓΕΤ και της ΕΥΔΕ ΕΤΑΚ για τα αποτελέσματα του ελέγχου των ορκωτών λογιστών,
ιδ) τον χειρισμό κάθε άλλου συναφούς θέματος.