Το Τμήμα Σχεδιασμού και Προγραμματισμού είναι αρμόδιο για:
α) την κατάρτιση, του Στρατηγικού Σχεδιασμού της Έρευνας και Καινοτομίας,
β) τη διαμόρφωση Στρατηγικής για θέματα Υποδομών Έρευνας και Καινοτομίας, την κατάρτιση σχετικών Μητρώων και τη σύνταξη Οδικού Χάρτη Ερευνητικών Υποδομών,
γ) την παρακολούθηση των στόχων των μέτρων/δράσεων Έρευνας και Καινοτομίας στο πλαίσιο διάφορων εθνικών, περιφερειακών και συγχρηματοδοτούμενων προγραμμάτων,
δ) την παρακολούθηση της οικονομικής και κοινωνικής δραστηριότητας της χώρας σε εθνικό και περιφερειακό επίπεδο σε συνδυασμό με τις διεθνείς εξελίξεις και την εισήγηση μέτρων πολιτικής και τρόπων παρέμβασης για την προώθηση και διευκόλυνση των ερευνητικών και τεχνολογικών δραστηριοτήτων,
ε) την παρακολούθηση των εργασιών των επιτροπών του ΟΟΣΑ σχετικά με την πολιτική Έρευνας και Κανοτομίας,
στ) τη διαχείριση του Μητρώου του Ελληνικού Επιστημονικού Δυναμικού,
ζ) την παρακολούθηση θεμάτων Κρατικών Ενισχύσεων στους τομείς Έρευνας και Καινοτομίας,
η) τον χειρισμό κάθε άλλου συναφούς θέματος.