Το Τμήμα Ευρωπαϊκής Ένωσης είναι αρμόδιο για:
α) την παρακολούθηση των δραστηριοτήτων της Ευρωπαϊκής Ένωσης σε θέματα Έρευνας και Καινοτομίας, καθώς και σε θέματα που αφορούν το Διάστημα,
β) την αξιοποίηση των δυνατοτήτων χρηματοδότησης ή/και συγχρηματοδότησης ελληνικών ερευνητικών και τεχνολογικών δραστηριοτήτων από την Ευρωπαϊκή Ένωση,
γ) την εισήγηση επί της προώθησης της συμμετοχής της χώρας σε προγράμματα και δράσεις που συγχρηματοδοτούνται από το εκάστοτε Πρόγραμμα Πλαίσιο Έρευνας και Καινοτομίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης και γενικότερα στα προγράμματα που στηρίζονται στα άρθρα 179-189 της Συνθήκης Λειτουργίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης υπό τον «ΤΙΤΛΟ: ΧΙΧ: έρευνα και τεχνολογική ανάπτυξη και διάστημα»,
δ) την εισήγηση επί του διορισμού Εθνικών Εκπροσώπων σε ομάδες και επιτροπές στα όργανα της Ευρωπαϊκής Ένωσης και σε ad hoc συναντήσεις, καθώς και τον διορισμό εκπρόσωπων στις επιτροπές, ομάδες εμπειρογνωμόνων, ενδιάμεσων φορέων και δομών για την υλοποίηση με άλλα Κράτη-Μέλη της Ευρωπαϊκής Ένωσης κοινών προγραμμάτων με ή χωρίς κοινοτική χρηματοδότηση. Επιπρόσθετα, είναι αρμόδια για την εξασφάλιση της απαιτούμενης εθνικής χρηματοδότησης για αυτή τη συμμετοχή,
ε) τον συντονισμό και τη συμμετοχή σε Κοινά Προ- γράμματα, συγχρηματοδοτούμενα από Κοινοτικούς και Εθνικούς πόρους,
στ) τη συμμετοχή στη διαμόρφωση εθνικών θέσεων στο Συμβούλιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης στον τομέα της Έρευνας, Καινοτομίας και Διαστήματος, καθώς και την εφαρμογή των δραστηριοτήτων και πρωτοβουλιών που απορρέουν από τις αποφάσεις του,
ζ) τον χειρισμό κάθε άλλου συναφούς θέματος.