Οι διακρατικές συνεργασίες της Γ.Γ.Ε.Τ. αποτελούν αναπόσπαστο μέρος της συνολικής δραστηριότητάς της ως προς την διαμόρφωση και ενίσχυση των ερευνητικών πολιτικών. Καλύπτουν ένα ευρύτατο φάσμα δράσεων διμερούς, τριμερούς και πολυμερούς χαρακτήρα.

Αποτελούν σημαντικότατο εργαλείο ενίσχυσης της εξωστρέφειας τόσο του επιστημονικού και ερευνητικού δυναμικού της χώρας, των ερευνητικών Κέντρων και Πανεπιστημίων, όσο και της ίδιας της Γ.Γ.Ε.Τ.

Η Ελλάδα στοχεύει με την συμμετοχή της να είναι παρούσα σε ό,τι αφορά την άμεση γεωπολιτική γειτονιά της (Αδριατική, Βαλκάνια, Εύξεινος Πόντος, Ν.Α. Μεσόγειος), καθώς και τους στρατηγικούς εταίρους της (Ε.Ε., κυρίως), ενώ στοχεύει, επίσης, στην προσέγγιση χωρών με δυνατό Ε&Τ σύστημα (π.χ. Ισραήλ) ή χωρών με σημαντικό γενικό εκτόπισμα στον διεθνή χώρο (π.χ. Κίνα).

Η Γ.Γ.Ε.Τ. είναι δίαυλος διεθνών Ε&Τ ανταλλαγών, χρηματοδότης δι-επιστημονικών προγραμμάτων Ε&Τ αιχμής, συμβάλλει στην εγκαθίδρυση στέρεων διεθνών σχέσεων στο Ε&Τ επίπεδο και έχει οιονεί ρόλο πρέσβη της Ελλάδας στα διεθνή Ε&Τ fora, καθώς και στα διεθνή Ε&Τ γεγονότα.

Οι διακρατικές συνεργασίες στην Έρευνα και την Τεχνολογία αποτελούν ένα είδος soft diplomacy ή science diplomacy, διότι αφορούν αποκλειστικά σε επιστημονικά πεδία, τα οποία κατά κανόνα συνενώνουν τους συνεργαζόμενους (επιστήμονες ή/και ερευνητές) από τις δύο, ή περισσότερες, χώρες, δεν εμπλέκονται σε συγκρουσιακά διεθνή προβλήματα και μπορούν να προλειάνουν το έδαφος για συνεργασία και σε άλλους τομείς κοινού ενδιαφέροντος με κάθε χώρα.

Οι διακρατικές συνεργασίες διαφοροποιούνται από την επιστημονική και ερευνητική συνεργασία σε επίπεδο Ε.Ε. ή/και Διεθνών Οργανισμών διότι συνάπτονται μεταξύ μεμονωμένων Κρατών και όχι διεθνών μορφωμάτων ή Διεθνών Οργανισμών.

Η υλοποίησή τους γίνεται σε στενή συνεργασία και συνέργεια με το Υπουργείο Εξωτερικών, κυρίως στο επίπεδο της σύναψης των Συμφωνιών και της νομικής επεξεργασίας τους, καθώς και της κοινοβουλευτικής κύρωσής τους. Η Γ.Γ.Ε.Τ. ενημερώνει τακτικά το Υπ.Εξ. για τις διακρατικές δραστηριότητές της και συμμετέχει στο βαθμό που της αναλογεί στις Μικτές Διακρατικές Επιτροπές, ή σε άλλης μορφής συνεδριάσεις, που οργανώνει το Υπουργείο Εξωτερικών.